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贝达喹啉有几类人群是明确禁止使用的。首先是已经存在QT间期延长的患者，包括先天性长QT综合征患者，因为使用后可能引发致命性心律失常。其次是正在使用其他会延长QT间期药物的患者也需要避免使用。另外严重肝功能不全的患者禁用，因为贝达喹啉主要通过肝脏代谢，肝功能太差会导致药物蓄积。对贝达喹啉或其任何辅料成分过敏的患者同样不能使用。妊娠期女性虽然不是绝对禁忌，但需要充分评估风险后才能决定是否用药。所有禁忌判断都需要由专业医生来完成。
参考资料：https://en.wikipedia.org/wiki/Bedaquiline