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吡托布鲁替尼作为新一代非共价型 BTK 抑制剂，整体耐受性优于传统 BTK 抑制剂，不良反应大多为轻至中度，但仍存在血液学与非血液学不良反应，用药期间需要持续监测。
血液系统不良反应较为多见，其中中性粒细胞减少最为常见，可提升感染风险，严重时出现发热性中性粒细胞减少；其次为血小板减少，可能引发皮肤瘀斑、黏膜出血，少数患者发生贫血，伴随乏力、气短。出现重度血细胞降低时，需及时暂停用药并调整剂量。
常见非血液学副作用包含乏力、腹泻、恶心、呕吐等胃肠道反应，一般程度较轻，对症处理大多可以缓解。部分患者会出现肌肉骨骼疼痛、关节痛、水肿。心血管相关风险需要警惕，存在高血压、心律失常发生可能，既往有心脏基础疾病人群需密切监测血压与心电图。
另外可出现转氨酶升高等肝功能异常，多数为一过性，定期复查肝功能即可。少见但严重的不良反应有出血事件、感染（肺炎、败血症等）。和同类药物相似，存在发生肿瘤溶解综合征、间质性肺病的潜在风险，一旦出现持续咳嗽、呼吸困难需要立刻就医。
若发生 3 级及以上不良反应，按照规范暂停给药；多次出现重度毒性需逐级减量，反复严重毒性则永久停药。用药期间不要随意联用影响代谢的药物，出现新发不适及时告知主治医生，切勿自行调整药量。