吡托布鲁替尼为新一代非共价 BTK 抑制剂，总体耐受性良好，不良反应多为轻至中度，但服药期间仍需持续监测，防范严重不良事件。
血液系统不良反应较为常见。中性粒细胞减少发生率较高，会提升细菌、真菌感染概率，严重者出现发热性中性粒细胞减少；其次为血小板减少，可能引发皮肤瘀斑、牙龈出血等出血表现；部分患者出现贫血，产生乏力、头晕、活动后气短等症状。发生重度血细胞减少时，需及时暂停用药并调整剂量。
胃肠道不适是典型非血液学反应，多见腹泻、恶心、呕吐，大多程度较轻，对症处理后可有效缓解。不少患者伴随全身乏力、肌肉骨骼疼痛、肢体水肿。心血管风险需要重视，服药后可能出现血压升高、心律失常，有心脏病基础的患者，要定期监测血压与心电图变化。
用药过程中可出现转氨酶升高，多为一过性肝功能异常，定期复查肝功能能够及早发现。较为凶险的少见不良反应包括重度出血、肺炎、败血症等严重感染。同时存在间质性肺病、肿瘤溶解综合征潜在风险，若长期干咳、胸闷、呼吸困难，需要立即就医排查。
一旦出现 3 级及以上不良反应，需中断治疗。毒性缓解后，首次复发可恢复初始剂量；第二次出现毒性调整为每日 100 毫克；第三次减量至每日 50 毫克；第四次发生重度不良反应，则永久停药。患者严禁擅自调整药量，身体出现新发症状，第一时间告知主管医师评估处理。
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